Увы. Мне очень не нравится концепция сайта Железных дорог России. Можно отыскать нужный поезд лишь двумя способами:

1.Либо вы точно знаете откуда, т.е. с какого вокзала, куда и в какой день вы хотите ехать. 

2. Вы тупо перебираете день за днём каждый из девяти Московских вокзалов, как станцию отправления, вбивая дни с понедельника до воскресенья и конечный пункт. Где-нибудь нужный поезд найдётся. Если он, конечно, есть. А вот пересадки и стыковки тут не отыщешь.

Нашла что-то похожее на старые добрые таблицы с расписаниями, висящими на каждом вокзале. Но этот ресурс актуален для поездов дальнего следования. 

Интерактивное расписание можно посмотреть также здесь.  Тут же можете задать интересующий вас маршрут. Если подобный поезд есть в другие дни, сайт вам об этом расскажет. Если его нет вовсе, сайт предложит вам посмотреть все поезда, идущие через указанные станции. Проверив их маршруты, вы сможете отыскать совпадения, найти, где можно сделать пересадку. Не уверена, что купить билет через этот ресурс будет самым выгодным, но это уже вам решать.

А вот ещё одна ссылка. Это уже для пригородных электропоездов. Удобно: появляется схема всех линий следования. Нажимаешь мышью нужную станцию - получаешь расписание для данной станции. В том числе так можно поступить и с конечной/начальной станцией, т.е. с вокзалом в Москве.